目前，會計集中核算仍處于初級階段，運作機制尚不完善，會計集中核算就其本身來講是變革強化會計監督職能。由于這項變革仍處于初級階段，有關制度尚不健全，監督力度尚不夠到位。初級階段的會計集中核算還主要忙于帳務處理的完善，在審核單位支出，一看票據是否合法，填寫是否規范，內容是否完整，二看有單位領導和經辦的簽字。會計集中核算使單位經費支出的合法性和帳務處理規范化增強了，但是對不合理違規違紀的變通票據就無法控制。因為核算中心人員不能直接參與單位的財務活動，無法跟蹤監督。防止會計集中核算后
財務管理
空心化、形式化已是當務之急，應建立一套完整的財務管理機制。加強會計集中核算后的財務管理，筆者提出以下五個方面看法：
編制經費使用計劃。編制經費使用計劃，主要是明確經費支出范圍和資金使用方向，建立起對可能發生的問題進行事前防范約束機制。編制經費使用計劃，要根據全年經費收支預算和事業發展需要，本著“量入為出，略有結余”的原則，制定全面完整的本月經費支出計劃。會計核算中心要嚴格執行經費使用計劃，堅決維護經費使用計劃的嚴肅性和權威性。
加大政府采購力度。推行行政采購制度，有效地控制消費節約經費，是預防和控制治理腐敗重要的約束機制。會計核算中心對凡納入政府采購目錄的大宗物品和物資報銷發票，必須要附政府采購中心開具的“批準采購通知單”，對沒有執行政府采購制度所購買的物資一律不予報銷。
實行財務會簽制度。實行財務會簽制度可有效遏制“一支筆”濫用職權，以權謀私，獨斷專行的不法行為發生。財務審計“一支筆”的制度已不適應會計集中后加強會計監督的要求，不利于群眾監督作用的發揮，實行財務會簽制度是完善“一支筆”約束和監督機制的延伸。實行財務會簽制度要求經辦人、倉儲負責人或物資驗收人，部門負責人和財會稽核人員簽字，最后由在限額內由“一支筆”審批。限額量可視單位業務量大小而定，限額以上資金實行領導人集體會簽。
加強報帳員法制教育。加強報帳員法制教育可有效避免報帳員事不關已明哲保身的思想，對違規違紀行為不抵制，不監督。有的甚至為了團體或個人的利益和單位領導串通一氣，變通票據逃避監督。加強報帳員法制教育，可增強單位內互相制約，相互監督內部牽制機制。強化對報帳員法制教育使之具有強烈的法律意識和較高的執法水平，增強約束自己的思想行為和行使法律賦予的職責。報帳員不僅要委派，而且一定要定期輪崗。
定期民主理財。實行定期民主理財可強化對干部約束和監督機制。實行民主理財最好一月度或一季度一次，通過財務公開，加大財務管理的透明度。會計核算中心要定期返回帳簿，憑證，報表給單位進行民主理財，單位民主理財人員構成要有群眾性和代表，理財結果對不涉及單位財務信息秘密的要詳細公布于眾，民主理財小組將本期財務執行存在問題、改進意見有關情況及效果評價、分析及時反饋給會計核算中心。
