表面看起來，薪酬體系與薪酬總額控制不存在什么矛盾，因為薪酬體系設計之初，結合企業薪酬戰略，為職位評價的點值賦值時，歷史薪酬總額便是其中的一個考慮因素；并且，新的薪酬體系設計宣告結束之前，還要進行薪酬總額測算，對體系設計的可靠性進行檢驗。
然而，企業是不斷發生變化的，它有正常的員工流失率，擴張戰略的實施也會帶來人員編制的膨脹；即使固定工資部分沒有什么變化，由于企業績效的變化，員工的浮動部分工資也會隨之變化。運行中的薪酬體系其實際薪酬總額將圍繞設計薪酬總額上下波動，不會時時保持平衡。
考慮到以上變化，企業進行年度薪酬預算的時候，在歷史薪酬總量的基礎上，結合物價水平、員工總人數、營業成本、 銷售 收入、利潤等因素的變動，對未來薪酬總額進行預測。顯然這種宏觀的、自上而下的薪酬總額測算，與由多種因素影響、自下而上、微觀的薪酬設計組合并不是等量關系。一些企業在年度薪酬預算的基礎上，還進行月度薪酬總額控制。薪酬的即時激勵性與總額計劃性孰輕孰重，如何最大限度縮小二者之間的差距，是需要解決的問題。
由于企業員工構成的復雜性，薪酬體系往往由多種基本薪酬制度組成。拿一般的生產性企業舉例，企業員工一般包含管理人員、技術人員、銷售人員、生產一線人員等等。基于有效激勵的原則，根據不同崗位的工作性質，會產生不同的薪酬計算方法，其固定工資與浮動工資比例不同，績效工資的考核指標不同，甚至兌現周期也不同。
固定工資部分。除了員工數量的變動，基于寬帶薪酬理念的員工晉升通道設計也使其變動范圍大大增加；正常比率的員工流動情況下，新員工試用期固定工資與正式員工的差異也是影響固定工資總額的一個變量。
績效工資部分。為實現自我公平，員工的績效考核指標都是基于具體崗位而設計的，對部門或員工考核的結果在設計值附近擺動。然而考核指標的不同，對薪酬總額的影響不僅體現在數量上，還使其變成一個時間變量函數。比如，對于生產一線人員，產品生產的數量和質量是其考核指標；而銷售人員的績效考核指標卻是銷售收入的完成或利潤的實現。原材料入庫、制成成品與成品銷售、收回貨款顯然不在同一時間點上。因此，如果以當月的銷售收入或利潤進行月度薪酬總額控制，這些人員就站在了不同的起跑線上。
現實中的一些企業，將薪酬總額控制與薪酬體系生硬地連接在一起，表面實現了數字平衡，卻沒有取得激勵效果，企業的薪酬總額呈剛性增長趨勢，人才反而流失了。其進行月度薪酬總額控制的具體做法是：首先根據當月銷售收入或稅后利潤等指標測算當月實發薪酬總額，然后用既定的薪酬體系計算每位員工實際應得工資，并進行加總；這兩個數據拿到之后，用“實發薪酬總額”除以“員工實際應得工資的加總”，從而計算出單位分值兌現比例，用這個兌現比例乘以每位員工根據薪酬體系計算的“實際應得工資”，就得出員工真正能領到的工資數額。就是說，薪酬體系計算出來的工資變成了用于加權匯總進行分配的分值。員工工資結構沒變，但崗位等級的點值卻發生了變化。這樣做產生的結果是：即使知道本部門或自身當月的績效，員工也不清楚當月能拿到多少工資。還有，一些企業采取“以豐補歉”的方法避免薪酬“振蕩”。由此，生產一線的工人，在當月產量突破歷史最高記錄的情況下，實際工資的增長也并不顯著等等。薪酬制度因此失去了激勵作用。
薪酬制度是為實現保健和激勵作用。當自上而下的薪酬總額測算與根據薪酬體系計算出來的實際薪酬總額，即薪酬的即時激勵性與總額計劃性，出現矛盾的時候，應保證激勵的有效性，執行既定的薪酬體系方案；而薪酬預算應保持一定的彈性，允許其在實際薪酬總額上下波動。
同時，為使薪酬預算最大限度貼近實際薪酬總額，需要解決不同人員薪酬分配要素的時間差異問題。根據不同人員薪酬的生成對公司的薪酬總額進行切塊控制是一個可操作的辦法，即生產一線人員的薪酬與生產成本相關，銷售人員的薪酬與銷售收入相關。以生產一線人員舉例，生產一線人員的工資是計入生產成本的，生產車間不是利潤中心，而是成本中心。這一部分人員的薪酬分配應與成本，而非銷售收入或利潤掛鉤。在價值鏈管理被廣泛應用的今天，企業 生產運營 的每一個環節都是一個戰略業務單元，如果企業實行內部價值鏈管理，生產部門按訂單生產，則生產人員的薪酬是可以與內部訂單的銷售收入建立起聯系的。
工資具有剛性，企業在進行薪酬體系設計時要充分考慮到包含市場波動等多種因素的影響，避免員工薪酬的大起大落。而為了維護制度的嚴肅性，一經確定，薪酬制度就應當被嚴格執行。在總額計劃性與即時激勵性出現矛盾的時候，應保證激勵的有效性，不能本末倒置，以預算人力成本倒推人員工資。否則，花了錢，卻辦了壞事；在已經建立起科學薪酬體系的基礎上，設計出一套科學的、與激勵機制緊密銜接的薪酬總額控制方法是解決矛盾的關鍵。
