中小企業由于經營規模較小，資本實力較差，發展時間一般不長，受自身體制和外部環境影響大，財務控制方面往往存在一些薄弱環節，如財務控制制度不健全、現金管理不當等。針對這些問題，專家建議從多方面入手搞好財務控制。
中小企業要搞好財務控制，必須建立嚴密的財務控制制度，具體包括以下幾個方面：不相容職務分離制度。這要求中小企業合理設置財務會計及相關工作崗位，明確職責權限，形成相互制衡機制。不相容職務包括：授權批準、業務經辦、會計記錄、財產保管、稽核檢查等職務。如：有權批準采購的人員不能直接從事采購業務，從事采購業務的人員不得從事入庫業務。
授權批準控制制度。這要求中小企業明確規定涉及財務會計及相關工作的授權批準的范圍、權限、程序、責任等內容，單位內部的各級管理人員必須在授權范圍內行使職權和承擔責任，經辦人員也必須在授權范圍內辦理業務。如：采購人員必須在授權批準的金額內辦理采購業務，超出此金額必須得到主管的審批。
會計系統控制制度。中小企業應依據《會計法》和國家統一的會計制度，制定適合本單位的會計制度，明確會計工作流程，建立崗位責任制，充分發揮會計的監督職能。會計系統控制制度包括企業的核算規程、會計工作規程、會計人員崗位責任制、財務會計部門職責、會計檔案管理制度等。良好的會計系統控制制度是企業財務控制得以順利進行的有力保障。
財務風險控制制度。財務風險主要是指舉債給企業收益帶來的不確定性。企業舉債經營會對企業自有資金的盈利能力造成影響，由于負債要支付利息，債務人對企業的資產有優先的權利，萬一公司經營不善，或有其他不利因素，則公司資不抵債、破產倒閉的危險就會加大。但是另一方面，有效地利用債務，可以大大地提高企業的收益，當企業經營好、利潤高時，高負債會帶來企業的高速增長。中小企業應正確客觀地評估控制財務風險，一步步地發展壯大起來。
